Il periodo 1898-1903 vede il Circolo, con i suoi cinquanta soci, impegnato sia nella ricerca speleologica che in quella idrologica, con grande attenzione ai problemi di inquinamento. Vengono pubblicate diverse note su “In Alto” e fra queste appare, nel 1898, il primo manuale di speleologia intitolato "Istruzione e regolamento per l'uso degli strumenti ed attrezzi".
Come naturale conseguenza dell’attività del Circolo nasce nel 1904 "Mondo Sotterraneo" sul quale appaiono relazioni descrittive di fenomeni carsici di tutta Italia, ma anche articoli di idrologia superficiale. Nei primi quindici anni del '900 la speleologia del Friuli ha il suo periodo di maggiore espansione: uomini quali Alfredo Lazzarini, Olinto Marinelli, Fortunato Fratini, Michele Gortani Francesco Musoni, Giovanni Battista De Gasperi, Angelo Coppadoro, Giueppe Feruglio, Luigi Marson e successivamente Ardito Desio portano la nostra speleologia ai primi posti in Italia.
Nel 1905 esce la prima "Bibliografia Speleologica Friulana" con l'elenco di 101 titoli pubblicati dal 1842 in poi. Nel 1911 De Gasperi pubblica un Catalogo delle Grotte e Voragini del Friuli, ove descrive 153 grotte.
Gli ambiziosi programmi del Circolo dal 1904 al 1923 non possono essere sempre realizzati sia per insufficienza di uomini e mezzi che, e soprattutto, a causa degli eventi bellici. Basta ricordare le prime esplorazioni al Bus de la Lum, ritenuta allora una delle più profonde cavità del mondo (dove il Circolo può operare grazie al contributo di L. 1000 elargito dal Re Vittorio Emanuele III), al Canin, al Ciaorlecc, al Bernadia; viene esplorata completamente la Grotta Doviza (Villanova), che diventa così la più lunga d'Italia.